1956年,原重工業部地質局南京地質勘探公司閩南普查隊和原重工業部華東分局806隊進駐福建開展地質工作;

1958年,下放給福建省;

1975年,組建福建省冶金地質勘探公司;

1984年,劃歸冶金部直屬，更名為冶金部福建地質勘探公司;

1988年,更名為冶金部第二地質勘探公司;

1990年,更名為冶金部第二地質勘查局;

2001年,更名為中國冶金地質勘查工程總局二局，隸屬中央企業工委;

2003年,隸屬國務院國資委管理的中國冶金地質總局;

2006年,更名為中國冶金地質總局二局;

2021年,福建冶地恒元集團有限公司成立，作為二局平行公司。